近年来，甘肃立足黄河战略全局视野，创新开展九甸峡水源地生态保护补偿，在黄河流域率先构建起“责任共担、利益共享”的水源地保护长效机制。随着机制落地，九甸峡库区呈现“一泓清水润两岸”的生动景象。
甘肃财政立足省情水情，建立“水质+水量”双因素动态补偿体系。依托生态环境部门水环境综合检测系统和水利部门取水口监测计量系统，首创50%水质浮动补偿与50%水量精准分摊相结合的考核模式。当九甸峡库区出水水质高于或与上年水质持平时，甘南州可获得基准额度50%的奖励；若水质低于上年水平，则甘南州向下游5市分别予以补偿。
甘肃财政还创新设计“四六开”过渡期补偿方案，省财政以补助方式承担补偿资金总额的60%，定西等五市分担补偿资金总额的40%。“省级兜底保基本、水质水量明责任”的分摊机制，既彰显了支援甘南发展的政治担当，又体现了用水者付费的市场原则。
为确保生态补偿“不落空”，甘肃建立省级财政统收统付体系，下游五市按年度考核结果向省财政上缴当年补偿资金，再由省财政统一支付甘南州，对未履约地区实施生态奖补资金等额扣减的硬约束。“资金流可视、责任链可溯”的监管创新，彻底破解了跨行政区生态协议“签字热、执行冷”的顽疾。
甘肃财政着力完善省内流域治理体系，2021年以来省级设立流域横向生态补偿奖补资金，推动黄河干支流、黑河、石羊河、白龙江流域9市州24县区建立补偿机制，创新制定《九甸峡水源地生态保护补偿实施方案》，促成甘南等6市州签订协议。机制的建立为黄河流域生态环境的持续改善奠定基础，2024年全省国控断面水质优良率达98.6%，沿黄流域41个国考断面水质优良比例达97.56%，黄河干流出境断面水质连续9年稳定保持Ⅱ类标准，实现生态效益与治理效能双提升。
同时，甘肃建立“一省一策”省际补偿机制，树起黄河治理省域合作标杆。甘肃与四川建立玛曲断面双向追偿机制，2021年首签双向补偿协议，若黄河玛曲断面年均水质未达Ⅱ类，污染方向守约方支付补偿资金。协议签订以来连续四年水质达标，形成“共护一河水”的川甘协作范例。与宁夏首创五佛寺断面反向补偿机制，2023年创新“达标不补、超标必偿”机制，通过两省区协同治理，让黄河成为造福人民的幸福河。与青海构建双断面补偿机制，2024年签订大河家、湟水河边墙村双断面补偿协议，两省共同出资设立补偿资金，专项用于流域内水污染综合治理、生态环境保护等工作，为黄河干流及湟水河协同治理注入新动能。