自2025年起，内蒙古自治区财政厅计划在自治区范围内分三年分步骤有序推进零基预算改革，实现在财政管理方面的实质性突破，全面提升全区财政系统化、精细化、标准化、法治化水平。
建立制度体系，出台改革方案及配套制度。自治区财政厅基于当前现实情况，建立推进零基预算改革总体性、规范性、实操性的制度体系，研究制定了《内蒙古自治区实施零基预算改革三年行动方案（2025—2027年）》以及配套的四个工作指南。通过打破支出基数、创新预算编制方式、重塑支出政策、加强资源统筹整合、完善排序机制，构建“该保必保、应省尽省、讲求绩效”的资金安排机制，实现预算编制理念和方式的重大变革。
保障重点事项，建立大事要事保障清单。编制公共服务、产业扶持、重点建设项目三类保障事项清单，按照轻重缓急对项目进行排序。公共服务保障清单涵盖幼有所育、学有所教、劳有所得、病有所医、老有所养、住有所居、弱有所扶、优军服务保障、文体服务保障等10个领域；产业扶持保障清单涵盖第一产业中农业、林业2个领域，第二产业中工业、电力能源、军民融合3个领域，第三产业中内外贸发展、文旅、金融、通用航空发展4个领域；重点建设项目保障清单涵盖教育、医疗、农林水、政法、交通和信息化等领域重点基础设施建设项目。对重点任务实施清单制管理，完善大事要事保障机制，加强对国家重大决策部署财力保障。
加强统筹整合，全面清理重塑支出政策。对自治区本级出台的长期存续、效益不高、交叉重叠的支出政策进行梳理，提出分类处置意见，按规定进行清理。建立健全财政支出政策定期评估和动态调整、退出机制，已到期、目标已完成、绩效评价结果较差的支出政策，一律清理退出。在科技创新、产业、人才发展等领域加强跨部门支出政策统筹整合。在科技领域，将5个专项资金整合为2个；在产业领域，将43个专项资金整合为28个；在人才发展领域，将3个专项资金整合为1个人才工作专项资金。不断推进财政资金统筹整合，合理控制专项转移支付新增项目和资金规模，逐步减少专项转移支付，增加一般性转移支付，增强地方自主权。
健全支出标准，夯实预算编制审核基础。通过支出标准体系建设规范部门预算管理，强化已出台标准的实际应用，利用已出台的政务信息化运维支出标准审核预算，节省财政资金2543万元，有效解决部门在预算编制过程中“盲目估算”的问题。以工作实际为切入口，制定出台《内蒙古自治区本级财政项目支出标准管理暂行办法》和《内蒙古自治区本级2024—2026年项目支出标准体系建设规划》，从支出标准的职能分工、建设内容、制定流程等方面进行规范管理，并提出支出标准建设三年规划，统筹推进通用标准、专用标准和部门内部标准全方位建设，逐步建立不同行业、不同领域的项目支出标准体系，为全面推行零基预算改革提供重要支撑。
推进绩效管理，全面强化事前事后监管。紧紧围绕坚持减少过程监管、强化结果监管总体要求，强化事前绩效评估。凡新出台重大政策、新增重大项目，按规定开展事前绩效评估，将评估结果作为申请预算的必备要件。优先选取关注度高、资金规模较大的新增重大政策、项目，组织开展事前绩效评估，评估结论和审核意见作为预算安排的重要参考依据，从源头上防控财政资源配置的低效无效。制定《内蒙古自治区预算绩效管理结果应用办法》，推动完善激励约束机制，将绩效评估、评价结果与预算安排、政策调整挂钩，绩效目标审核结果与预算编制挂钩，部门整体绩效评价结果与部门预算安排挂钩，实现事前事后有效闭环管理，切实推动财政资金聚力增效，实现财政资源配置效率和资金使用效益“双提升”。